戰(zhàn)役模式提供三個陣營(UEF、Illuminate、Cybran)的故事流程，一開始只能先玩UEF(The United Earth Federation，聯(lián)合地球聯(lián)盟)陣營。玩家可以透過游戲中的即時動畫以及語音字幕認(rèn)識3大陣營各自面對的問題與彼此的利害關(guān)系。

　　游戲中每個陣營各有6大關(guān)，破關(guān)后才能進(jìn)行另一個陣營的戰(zhàn)役故事，3個陣營共有18大關(guān)。 《最高指揮官2》透過戰(zhàn)役模式讓玩家由淺入深而熟悉游戲的操作介面與兵種特性，每大關(guān)除了以主要任務(wù)當(dāng)作劇情動畫觸發(fā)點(diǎn)，還提供多樣化的次要任務(wù)供玩家挑戰(zhàn)，完成次要任務(wù)可獲得研發(fā)點(diǎn)數(shù)或資源獎勵。隨著戰(zhàn)役故事的推進(jìn)，玩家可操作的兵種與戰(zhàn)爭規(guī)模會逐漸擴(kuò)大，每個陣營的最后一關(guān)照例進(jìn)行總驗收，例如UEF最后一關(guān)起初只能帶現(xiàn)有部隊解救我軍指揮官，好不容易抵達(dá)前線基地后，還得抵擋多如潮水的敵軍不斷涌來，在初期資源不足的情況下，一邊撿殘骸回收資源一邊發(fā)展科技，想辦法撐到己軍陣容足夠再個別擊破3處敵軍據(jù)點(diǎn)，該關(guān)卡游戲時間至少1小時。

　　戰(zhàn)役模式每完成一個附屬任務(wù)，會獲得研究獎勵點(diǎn)數(shù)與觸發(fā)下一個事件的進(jìn)行，透過事件讓玩家熟悉新部隊的操作與了解劇情。

　　UEF第6大關(guān)的激烈戰(zhàn)役，右上方的敵軍源源不絕地攻過來，必須盡快穩(wěn)住戰(zhàn)線以免波及后方的基地，設(shè)置大型護(hù)盾能發(fā)揮部分抵擋效果以減小我軍的傷亡;地面的焦黑部分是之前激烈作戰(zhàn)留下的痕跡。

　　戰(zhàn)役模式通常需先撐過一波波電腦的猛攻，之后換我方帶著大量兵器反攻敵方。若是控兵不佳或是兵種配置錯誤，將導(dǎo)致戰(zhàn)力受損而無力反攻。