《幕府將軍的骨頭》作為一款策略游戲，操作就不再是游戲中的重點(diǎn)。畢竟更多的玩家希望看到的是不同屬性的兵種如何搭配以及在任務(wù)關(guān)卡中如何調(diào)配部隊(duì)?wèi)?zhàn)勝敵人。當(dāng)然在單位的控制上，本作還是有別的新意。在單位的移動(dòng)上，本作突出部隊(duì)移動(dòng)的即時(shí)控制感。每個(gè)單位都有自己固定的移動(dòng)范圍，即便戰(zhàn)斗結(jié)束也可以移動(dòng);同時(shí)本作中的精髓在于可以讓玩家打倒敵人單位后吃掉殘留的頭骨來(lái)提升自己?jiǎn)挝坏膽?zhàn)斗力和HP。當(dāng)每吃滿3個(gè)頭骨的單位可以提升為厲鬼，其戰(zhàn)斗力不容小覷。